Кез келген күрделі заттың құрамы мен қасиетін сақтайтын ең кіші бөлшегі – оның молекуласы болса, осы молекуланың өзі атомдардың байланысуынан түзіледі. «Атом» грек тілінде «бөлінбейтін» деген мағынаны білдіреді. Былайша айтқанда, атом – заттың химиялық жолмен бөлінбейтін ең ұсақ бөлшегі. Жасанды атомдарды есептемегенде, бүгінгі күні табиғатта әр түрлі 92 атом кездеседі. Бір қызығы, әлемдегі түрлі денелер мен заттардың кез-келгені осы 92 химиялық элементтің атомдарынан тұрады.

Ертедегі грек ғалымдарының бірі  Демокрит кез-келген зат бөлінбейтін өте ұсақ бөлшектерден тұратынын жорамалдап, ондай бөлшектерді «атомдар» деп атаған. Тіпті олар үнемі қозғалыста болады деп есептеді. Атомдардың бір-бірімен өздігінен әрекеттесу қабілеті туралы ойды Эпикур да айтты. Дегенмен бұл ойшылдардың айтқаны ғылыми тәжірибеге сүйенбегендіктен, көп ғасыр бұл мәселе жабық қалып, тиісінше зерттелмеді.

Соңғы ғасырларда ғана физика, химия ғылымдарының дамуымен заттың құрамына қатысты түрлі тәжірибелік зерттеулер қолға алынды. Атап айтқанда, ХIХ ғасырдың басында (1803 ж.) Джон Дальтон атомистикалық теорияны жандандырып, белгілі химиялық элементтің атомдары бірдей қасиет көрсететінін, ал әртүрлі элементтерге әртүрлі атомдар сәйкес келетінін дәлелдеді. Ол қатты заттар мен сұйықтықтар тәрізді газдардың да ұсақ бөлшектерден тұратынын анықтады. Атомның маңызды сипаттамасы ретінде «атомдық масса» ұғымы қабылданды. Алайда атом әлі де бөлінбейтін бөлшек деп есептелді.

1897 жылы ағылшын ғалымы Дж. Томсон жүргізген тәжірибесі бірқатар электр құбылыстарын түсiндiруге мүмкiндiк берді. Атом құрылысын күрделі деп қабылдаған Дж. Томсонның бейнелеп түсіндіруінше, атом радиусы шамамен 10^-10м болатын шар тәрізді. Бұл шардың бүкiл көлемi оң зарядталған, ал терiс зарядталған электрондар оның iшiнде су тамшысының iшiндегі түйiршiктер іспетті қозғалып жүредi. Ол атомнан зарядталған бөлшектер шығатынын, яғни атомның алғашқы элементар бөлшегі, «электрондарды» дәлелдеді.

Атомның құпиясына одан да тереңiрек ашқан ғалым ағылшын оқымыстысы Эрнест Резерфорд болды. Резерфордтың тәжірибесінше (1911 ж.) атомдағы оң зарядтар оның орталығына барып жиналады. «Атом ядросы» деген осы. Резерфордтың түсіндіруінше, атомының құрылысы Күн жүйесiне ұқсайды. Күн жүйесiнде планеталардың оған тартылып айналғаны сияқты, электрондар да ядроға тартылып оны айнала қозғалуда. Осы себепті Резерфорд ұсынған үлгі «планетарлық үлгі» деп аталып кетті.

Осындай ғылыми тәжірибелер нәтижесінде заттың ең ұсақ бөлшегі атом болса, атомның да электрон, протон және нейтрон деп аталатын түрлі элементар бөлшектердің жиынынан тұратыны анықталды. Протондар мен нейтрондар атомның ішкі ядросында орналасқан, ал электрондар ядроны айнала қозғалуда. Атомның электрондық қабатшалары осылай түзілуде.

Анығында, соңғы ғасырларда ғана ғылыми жаңалық ретінде ашылған атом және оның ұсақ бөлшектері жайында қасиетті Құранда VI ғасырларда-ақ айтылған екен. Мұсылман ғалымдардың айтуынша, «Жүніс» сүресінің 61-аяты осыны білдіруде:

«Көк пен жердегі титімдей, тіпті одан да ұсақ не ірі нәрселер болмасын ешбірі назардан тыс қалмайды. Барлығы да Ләухул-Махфузда жазылған».

Аяттағы «Одан да ұсақ не ірі нәрселер болмасын ешбірі назардан тыс қалмайды» деген сөз атомды және оның бөлшектерден тұратынын меңзеуде.