Вирусы, найденные Уханьской лабораторией, оказались лишь "вершиной айсберга"
Вирусы, найденные Уханьской лабораторией, оказались лишь "вершиной айсберга"
2 месяца назад 176 Уханьский институт вирусологии. © Asia Times

Вирусы, обнаруженные на сегодняшний день в Уханьском институте вирусологии, являются лишь "вершиной айсберга". Нужно продолжать их исследование, чтобы избежать вспышки нового инфекционного заболевания. Об этом в интервью телеканалу CGTN заявила один из ведущих специалистов института Ши Чжэнли.

"Если мы хотим защитить человечество от вспышки нового инфекционного заболевания, мы должны взяться за исследование этих неизвестных вирусов, носителями которых являются дикие животные. Кроме того, мы должны иметь в запасе некоторые лекарства и проявляющие реагенты для профилактики и контроля (эпидемий) в будущем", - заявила исследователь.

Ши Чжэнли известна научными исследованиями летучих мышей. За свою карьеру она обнаружила около 1,5 тысячи различных видов коронавируса в организмах этих животных.

Вирусолог заявила, что продолжит свою работу по изучению неизвестных патогенов, так как в природе существует много видов летучих мышей и других животных, которые потенциально могут быть носителями многих вирусов.

"Вирусы, которые мы обнаружили, это на самом деле лишь вершина айсберга… Эти вирусы существуют в природе, считаетесь вы с этим или нет. Если мы не будем их изучать, вероятно, будет еще одна вспышка, и мы не будем их знать. Работа, которой мы сейчас занимаемся, - найти вирусы, прежде чем они найдут нас", - отметила ученый.

Эксперт призвала страны к международному сотрудничеству в борьбе с вирусами. Она подчеркнула, что подобные исследования требуют прозрачности, а политизация науки представляет собой очень прискорбное явление.

С начала вспышки коронавируса COVID-19 в Ухане в конце декабря прошлого года в СМИ и в Интернете неоднократно появлялись различные версии, что новый вирус мог "утечь" из лаборатории Уханьского института вирусологии.

Сам институт еще в январе выступил с открытым письмом, в котором назвал эти предположения ложными слухами и подчеркнул, что совесть сотрудников института "абсолютно чиста".

В апреле директор Уханьского института вирусологии профессор Юань Чжимин заявил, что нет никаких доказательств того, что вирус SARS-CoV-2 был синтезирован людьми. "Этот вирус никоим образом не исходит от нас", - подчеркнул профессор. 

Биоинформатики из Петербурга создали новый сборщик для расшифровки геномов вирусов

Ученые из Петербурга разработали metaviralSPAdes — новый сборщик, позволяющий найти и собрать геном вируса среди множества других последовательностей. Исследование сотрудников из Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ и Калифорнийского университета в Сан-Диего есть в распоряжении «Хайтека». Научная статья опубликована в журнале Bioinformatics.

Когда человечество сталкивается с новым вирусом, биологи первым делом принимаются за расшифровку его генома — это необходимое условие для дальнейшей диагностики заболевания и разработки вакцины. Однако, если секвенирование нужно провести во время вспышки нового патогена, возникает проблема. Например, в слюне пациента с COVID-19, которая использовалась для самой первой расшифровки коронавируса SARS-CoV-2, содержались геномы многих других, в большинстве случаев безвредных вирусов. Не говоря уже о сотнях бактерий, которые живут во рту человека и затрудняют поиск вирусных последовательностей.

Этот пример показывает, как важно уметь решать гораздо более сложную вычислительную задачу, чем расшифровка одного генома, — собирать метагеномы, наборы из сотен различных геномов микроорганизмов, живущих в одной среде. Сложность заключается в том, что в результате такой работы можно получить тысячи последовательностей, среди которых будут фрагменты генетического кода как вирусов, так и бактерий, и какие именно данные относятся к нужному патогену, понять совсем непросто.

К тому же перед учеными неизбежно встанет другая задача — секвенирование метавирома — суть которой заключается в том, чтобы идентифицировать именно вирусные последовательности, скрытые среди гораздо более длинных бактериальных фрагментов. Затем биоинформатикам предстоит по кусочкам собрать полный геном вируса, ставшего виновником вспышки заболевания.

Группа российских и американских ученых из Санкт-Петербургского государственного университета и Калифорнийского университета в Сан-Диего разработала ассемблер metaviralSPAdes, который превращает анализ результатов секвенирования метавирома в простую задачу.

Сейчас биологам приходится анализировать небольшие фрагменты генома, поэтому сборка генома мало чем отличается от сборки пазла из миллиона фрагментов. Часто эту задачу рассматривают как одну из самых сложных алгоритмических проблем в биоинформатике. При этом другой ассемблер российских ученых — SPAdes — уже был применен в 9 тыс. исследований. С его помощью ученые анализировали патогены, вызвавшие вспышку Ближневосточного респираторного синдрома (MERS) в Саудовской Аравии, Эболы в Конго, гонореи в Англии, менингита в Гане, лихорадки денге на Суматре и десятки других вспышек, которые произошли за последние восемь лет с момента создания SPAdes.

После этого команда этих разработчиков создала metaSPAdes, который, в свою очередь, стал ведущим метагеномным сборщиком. С его помощью извлекать вирусные последовательности из огромного количества данных стало легче, однако сборщик нового поколения metaviralSPAdes способен не только находить фрагменты вирусных геномов, но еще и собирать из них готовый «пазл» — геном патогена.

 

0 комментариев
Архив